土壌汚染の措置が完了した場合（ただし、汚染物質を取り除いた場合に限る。盛り土などの措置の場合には指定解除は受けられない）には、土地の所有者等は土壌汚染が無いことを証明するために土壌汚染状況調査を行い、汚染物質が無いことを確認する。

この土壌汚染調査結果及び措置の完了に関する書類など都道府県知事に提出し、確認を受けた後指定区域から削除される。

尚、特殊な場合として該当土地の単位区画の一部で汚染が認められ、詳細な土壌調査を省略したために指定区域に指定された場合には、再度単位区画ごとに詳細な土壌汚染調査を実施し、土壌汚染が無いこと（不存在の証明）が確認された場合には調査報告書を作成し、措置完了報告書に添付し、都道府県知事に提出する。

前記と同様に都道府県知事の確認を受けた後指定区域から削除される。